Juris civilis scholastici praelectio, Venezia, 1523; De republica Veneta, Venezia, 1526; Ad amplissimum cardinalem sanctae Romanae ecclesiae Marinum Grimanum, Murano, 1528; Adversus apostolas Germaniae; De unitate et pace ecclesiae, Venezia, 1542; Francisci Spierae Civitatulani horrendus casus, Basel, 1549; Instruttione christiana, Poschiavo, 1549; Dodici trattarelli, Basel, 1549–50; Epistola de morte Pauli III, Basel, 1549; Declaratio iubilei futuri Romae anno MDL, Basel, 1550; A’Principi d’Italia, 1550; Del matrimonio dei preti e delle monache; Discorsi sopra i fioretti di San Francesco; Le otto difesioni del Vergerio vescovo di Capodistria; Due lettere di un cortegiano; Ad serenissimum Angliae regem de creatione Julii III, 1550; Il Vergerio a papa Giulio III; Concilium non modo tridentinum sed omne papisticum, perpetuo fugiendum esse omnibus piis, 1553; Consilium quorundam episcoporum Bononiae congregatorum, 1553; Sopra le letere volgari di M. Claudio Tolomei vescovo di Curzola, Basel; Fondamento della religione christiana per uso della Valtellina, 1553; Stanze del Berna con tre sonetti di Petrarca, 1554; Della Camera e Statua della Madonna di Loreto, Tübingen, 1554; Catalogo de Arcimboldo vescovo di Melano, 1554; Giudicio sopra le lettere di tredici huomini illustri, 1554; Lac spirituale, 1555; Retrattazione del Vergerio, Tübingen, 1556; Actiones duae Secretarii Pontificii, Pforzheim, 1556; De idolo Laurentano, Tübingen, 1556; Historia di papa Giovanni VIII, che fu femina, 1556; Annotationes in catalogum haereticorum, 1556; Ad serenissimum Sigismundum Augustum, Poloniae regem, 1558; Dialogi quatuor, Tübingen, 1559; Agl’Inquisitori che sono per l’Italia, Tübingen, 1559; De natura et usu sacramentorum, 1559; Comparation tra il concilo Basiliense e il Tridentino, Göppingen, 1561; All serenissima regina d’Inhilterra, Tübingen, 1562; Ai fratelli d’Italia, 1563; Opera adversus papatum, Tübingen, 1563; Risposta del Vergerio ad una inventiva di fra Ippolito Chizzuola da Brescia, 1565.