Institut za filozofiju utemeljen je kao Institut za filozofiju Sveučilišta u Zagrebu Odlukom Savjeta Sveučilišta u Zagrebu 27. lipnja 1967. Kao samostalni institut u sastavu Sveučilišta u Zagrebu djelovao je do 1. studenog 1977, kad se u skladu s odredbama Zakona o znanstvenom radu pridružio Centru za povijesne znanosti, koji su 1974. utemeljila tri instituta iz područja humanističkih znanosti: Institut za hrvatsku povijest, Institut za povijest umjetnosti i Institut za arheologiju. Od integracije on nosi ime Odjel za povijest filozofije Centra za povijesne znanosti, a promijenjena je i temeljna orijentacija u znanstvenim istraživanjima, jer su svi odjeli Instituta, osim Odjela za istraživanje povijesti hrvatske filozofije, prešli u Zavod za filozofiju Filozofskog fakulteta u Zagrebu. Godine 1991. došlo je do nove statusne promjene: Savjet Instituta za povijesne znanosti donio je 17. rujna 1991. odluku o reorganizaciji, po kojoj Odjel za povijest filozofije nastavlja samostalno djelovati kao Institut za filozofiju Sveučilišta u Zagrebu, i to smješten u novoj zgradi na adresi Avenija Vukovar 54, Zagreb. Tu je odluku potvrdila Skupština Sveučilišta u Zagrebu 26. studenoga 1991. Stupanjem na snagu Zakona o ustanovama 1993. Institut postaje javni znanstveni institut izvan Sveučilišta.
Institut sustavno istražuje povijest filozofije, osobito povijest hrvatske filozofije, i temeljne filozofske probleme. Sustavno i stalno prikuplja filozofska djela, osobito hrvatska filozofska djela, te organizira njihovo proučavanje, obradu, prevođenje i objavljivanje. Što se tiče istraživanja povijesti hrvatske filozofije, to je proučavanje usmjereno, s jedne strane, na priređivanje i prevođenje najvažnijih djela iz hrvatske filozofske baštine, što se očitovalo, primjerice, u publiciranju dvojezičnih izdanja Teorije prirodne filozofije Ruđera Boškovića (1974), Nove sveopće filozofije Frane Petrića (1979), Peripatetičkih rasprava Frane Petrića (2009, 2012, 2013) itd. S druge strane, u nizu specijalističkih studija – monografija i članaka – djelatnici Instituta istražuju pojedine probleme te najvažnije ličnosti i pravce iz hrvatske filozofske prošlosti. U najvećem dijelu tih istraživanja naglasak se stavlja na europski kontekst u kojem je pojedini mislilac djelovao. Općenito, važan dio misije Instituta jest upućivanje na hrvatski doprinos ne samo europskoj filozofiji nego i znanosti te kulturi općenito. Naposljetku, u novije vrijeme, ostvarenje ovoga dijela svoje misije Institut vidi i u digitalizaciji tekstova iz povijesti hrvatske filozofije te njihovu predstavljanju na Internetu.
U Institutu se, nadalje, proučava većina glavnih razdoblja iz povijesti filozofije, a osobito antička filozofija, filozofija renesanse te filozofija 19. i prve polovice 20. stoljeća. I u ovom se području misija ostvaruje na dvojak način. S jedne strane, istraživanjima se nastoji doći do međunarodno prepoznatljivih rezultata, koji se mogu objaviti u međunarodnim publikacijama te tako predstavljati važan doprinos ukupnome ljudskom znanju. S druge strane, u ovome dijelu ispunjavanja svoje misije Institut nastoji popuniti neke praznine koje postoje u hrvatskoj kulturi, a koje se odnose, prije svega, na nepostojanje izdanjâ i prijevodâ nekih klasičnih djela filozofske literature.
Naposljetku, znanstvena istraživanja u polju filozofije koja se provode na Institutu posvećena su i nekim temeljnim filozofskim problemima, prvenstveno – ali ne i isključivo – u disciplinama kao što su logika, filozofija uma, politička filozofija, estetika, filozofija znanosti i metafizika. Institut u ovome području želi dati svoj doprinos ljudskome znanju i čovjekovu položaju u svijetu prvenstveno objavljivanjem visokokvalitetnih međunarodnih publikacija. Istraživanja u ovome području u posljednje vrijeme sve više karakterizira interdisciplinarnost.
Iako se glavni oblik provođenja ovoga dijela misije Instituta sastoji u publiciranju rezultatâ istraživanja u obliku specijaliziranih knjiga i članaka (te u spomenutom radu na digitalizaciji), svoju misiju shvaćamo i u širem smislu. Uvjereni da je filozofska refleksija važan i neizostavan dio ne samo povijesti čovječanstva nego, u nekim aspektima možda i više, njegove sadašnjosti, u svoju misiju ubrajamo i upućivanje na važnost filozofije za društvo u cjelini. U tu svrhu Institut nastoji promicati vrijednosti filozofskog načina razmišljanja i njegova odnosa prema drugim oblicima čovjekove djelatnosti, kao što su znanost i umjetnost. Taj se aspekt njegove djelatnosti ne sastoji samo u uobičajenim sredstvima javnog predstavljanja kao što su tribine, okrugli stolovi, javna predavanja i sl. nego i u posebnim aktivnostima kao što su organiziranje radionica za filozofiranje s djecom.